Представители класса Шильниковые образуют споры двух видов: микро- и мегаспоры. Он содержит три порядка: Шильниковые, Селягинелловые и Лепидодендроновые. К последнему порядку относятся только ископаемые формы.
Порядок Шильниковые (Isoёtales) включает только один род Полушник (Isoёtes), представленный водными или полуводными многолетними травами (около 70 видов). У них вертикально утолщенный клубневидный стебель, несущий розетку многочисленных шиловидных листьев. В нижней части стебель несет утолщение – ризофор, от которого отходят корни. Листья несут либо микроспорангии (стерильные), либо макроспорангии (фертильные) в углублении нижней расширенной части листа. Над спорангием имеется треугольный язычок. Выше спорангии лист сильно сужается и напоминает шило. Споры распространяются водой.
Шильники предпочитают водоемы с олиготрофной и чистой водой, поэтому большинство из них в настоящее время встречается очень редко. Некоторые виды разводят в аквариумах.
Порядок Селагинелловые (Selaginellales) также содержит только одно семейство Селагинелловые (Selaginellaceae), насчитываеющее 1000 видов, распространенное преимущественно во влажных тропиках. По внешнему виду они очень похожи на миниатюрные плауны. Однако у большинства селагинелл стебли имеют дорзовентральное строение: боковые листья крупнее спинных. Стебли, как и у шильников, образуют ризофоры. Спорофиллы в спороносных колосках имеют язычки.
Мужской гаметофит сильно редуцирован и не выходит из оболочки микроспоры. Женский гаметофит образует многоклеточный заросток. У некоторых мегаспора не высыпается на землю. Это явление напоминает образование семязачатка у семенных растений.
Практическое значение селагинелловых незначительное. Некоторые виды используют как теневыносливые декоративные растения.