Размножаются лишайники в основном вегетативным путем: частями слоевища или с помощью специальных образований – соредий, изидий и лобул.
Соредии имеют вид небольших комочков на поверхности таллома, но формируются внутри слоевища. Они состоят из одной или нескольких клеток водоросли, оплетенных гифами гриба. Этот порошковый налет сдувается ветром, смывается дождем, и, попадая на подходящие места, дает начало новым особям.
Изидии – бугорчатые или ветвистые выросты на верхней поверхности слоевища. Они легко отрываются от материнского организма. Внутреннее строение изидия повторяет строение таллома, в нем можно различить корковый и гонидиальный слои.
Лобулы, в отличие от изидий, имеют вид маленьких чешуек. Иногда изидии начинают расти непосредственно на материнском организме, образуя новые ветви.
Половым путем размножаются грибы, входящие в состав лишайников, а именно аскомицеты. В этом случае на поверхности таллома развиваются апотеции или перитеции.