По приуроченности к субстрату лишайники подразделяют на эпигейные, эпилитные и эпифитные.
Напочвенные, или эпигейные лишайники достигают наибольшего развития в местах мало пригодных для высших растений, например, на песчаных почвах, в тундрах, полупустынях, на торфяниках. Могут расти как на открытых местах, так и в лесах. К этому типу лишайников относятся виды Peltigera canina, Cetraria islandica, различные виды рода Cladonia, Parmelia vagans.
Пелтигера
Эпилитные лишайники поселяются на камнях и скалах и представлены в основном накипными видами рода Verrucaria, Collema multifidum, рода Leconora и Rhizocarpon geographicum.
Эпифитные лишайники предпочитают в качестве субстрата кору деревьев. Например, ксантория постенная (Xanthoria parietina) образует желто-оранжевые розетки на стволах осин и тополей. Во влажных лесах с деревьев свешиваются длинные сероватые или черно-бурые космы бородатых лишайников родов Usnea, Alektoria.
Уснея свисает клочковатыми бородами со стволов и ветвей деревьев.
Помимо свойств субстрата, на расселение лишайников большое влияние оказывают также климатические факторы: свет, влажность, температура.
Свет для лишайников необходим как для всех фотосинтезирующих организмов. Свет оказывает решающее влияние на жизнеспособность большинства лишайников. Так некоторые из них образуют плодовые тела только в ярко освещенных местах (например, широко распространенный лишайник Hypogymnia physodes). У лишайников нет специфических органов для поглощения влаги, они поглощают ее всей поверхностью тела. Поэтому влажность является вторым очень важным фактором распределения лишайников по местообитаниям. Лишайники черпают воду из разных источников: из дождевой воды, утренней и вечерней росы, талого снега, туманов, влажного воздуха. Потребность в воде колеблется у лишайников в широких пределах, благодаря чему фактор влажности является одним из основных определяющих распределение лишайников по различным местообитаниям.
Лишайники по-разному реагируют на загрязненность воздуха: некоторые не выносят даже малейшего загрязнения и погибают; другие живут только в городах и прочих населенных пунктах. Вблизи больших городов они растут плохо и постепенно вымирают. В настоящее время разработаны методы лизеноиндикации, с помощью которых можно определить степень загрязненности воздуха на основе наличия или отсутствия определенных лишайниковых группировок.
Большинство лишайников очень медленно растёт, что резко снижает их способность конкурировать с другими организмами за пространство и за другие условия существования. Поэтому они часто бывают пионерами заселения свободных субстратов (поверхность скал, камней, древесины и др,). Установлено, что лишайники выделяют специфические вещества (лихеиновые кислоты), которые разрушающе действуют на твёрдые минеральные субстраты, являясь тем самым зачинателями почвообразовательного процесса.