Отдел Голосеменные разделяют на 9-20 порядков, входящих в состав 2-5 классов. Число и соотношение классов и порядков дискуссионны, это особенно касается вымерших форм, нередко сочетающих признаки различных современных голосеменных. Мы будем придерживаться следующей системе классификации:
1.Класс Саговниковые
Пор. Семенные папоротники
Пор.Кейтониевые
Пор.Беннеттитовые
Пор.Саговниковые
2.Класс Сосновые
Пор.Кордаитовые
Пор.Гинкговые
Пор.Сосновые
3.Класс Оболочкосеменные, или Гнетовые
Пор.Эфедровые
Пор.Вельвичиевые
Пор.Гнетовые